Đơn vị sự nghiệp công lập xuất hóa đơn thế nào?

Trung tâm Xây dựng hạ tầng khu công nghiệp (KCN) Thốt Nốt là đơn vị sự nghiệp công lập tự cân đối thu chi, hoạt động trong lĩnh vực kinh doanh cơ sở hạ tầng KCN Thốt Nốt và cung cấp các dịch vụ có liên quan theo quy định của pháp luật. Quá trình thành lập Trung tâm như sau:

Năm 2002, đơn vị là Ban Quản lý dự án Trung tâm công nghiệp - Tiểu thủ công nghiệp huyện Thốt Nốt; Năm 2006 chuyển thành Trung tâm Xây dựng hạ tầng Cụm công nghiệp - Tiểu thủ công nghiệp Thốt Nốt; Năm 2009, đổi tên thành Trung tâm Xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt. Quá trình đầu tư chia làm các giai đoạn:

Giai đoạn 1, 2: Được ngân sách hỗ trợ không hoàn lại 30%; phần còn lại huy động từ tiền thuê lại đất của doanh nghiệp để đầu tư (chủ yếu từ giai đoạn 2002-2006);

Giai đoạn 3: Không sử dụng vốn ngân sách, nguồn thu, chi theo quy định của ngành chức năng, Trung tâm có các nguồn thu và sử dụng chi như sau:

- Nguồn thu từ tiền cho thuê lại đất chi cho việc đầu tư cơ sở hạ tầng KCN Thốt Nốt và trả tiền thuê đất hàng năm đối với Nhà nước, trả nợ vay, lãi vay để đầu tư cơ sở hạ tầng KCN.

- Nguồn thu từ phí sử dụng cơ sở hạ tầng hàng năm dùng cho việc duy tu, sửa chữa cơ sở hạ tầng và chi phí cho hoạt động của đơn vị.

- Thu từ việc cung cấp các hoạt động dịch vụ (chủ yếu là xử lý nước thải) chi cho các khoản chi phí có liên quan đến hoạt động dịch vụ này (có kê khai thuế theo quy định).

Trung tâm Xây dựng hạ tầng KCN Thốt Nốt hỏi, hoạt động thu của đơn vị từ nguồn tiền thuê lại đất và phí sử dụng cơ sở hạ tầng có phải là nguồn thu sự nghiệp của đơn vị hay không? Đối với nguồn thu từ tiền thuê lại đất tại dự án giai đoạn 3 đầu tư từ nguồn vốn không phải ngân sách Nhà nước thì xem là hoạt động kinh doanh hạ tầng hay vẫn là nguồn thu sự nghiệp?

Ngoài ra, việc thu tiền thuê lại đất có phải xuất hóa đơn cho doanh nghiệp không vì đơn vị là đơn vị sự nghiệp công lập? Các khoản chi phí đã đầu tư giai đoạn 2002-2006 (Ban quản lý dự án Trung tâm công nghiệp - Tiểu thủ công nghiệp) có được đưa vào chi phí để khấu trừ thuế thu nhập doanh nghiệp không? Thực hiện theo trình tự như thế nào?

Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

Doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp được Nhà nước cho thuê đất nộp nghĩa vụ tài chính (tiền thuế đất) với Nhà nước và thực hiện đầu tư hạ tầng KCN; sau đó doanh nghiệp được cho thuê lại đất gắn với kết cấu hạ tầng. Báo cáo của Trung tâm nêu chưa rõ mô hình hoạt động (Nhà nước giao Trung tâm kinh doanh kết cấu hạ tầng, ký hợp đồng có thu tiền thuê đất với Trung tâm như doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng khu công nghiệp hay chỉ là đơn vị thay mặt cho UBND tỉnh quản lý KCN. Do vậy, Bộ Tàỉ chính đề nghị làm rõ chức năng, nhiệm vụ, mô hình hoạt động của Trung tâm này để xem xét trả lời cho phù hợp.

- Trường hợp Trung tâm là doanh nghiệp kinh doanh kết cấu hạ tầng KCN, thực hiện đầu tư hạ tầng KCN trên diện tích đất được nhà nước cho thuê, thu tiền thuê đất theo quy định của pháp luật đất đai và cho thuê lại đất gắn với kết cấu hạ tầng thì nguồn thu từ tiền thuê đất và phí sử dụng hạ tầng là doanh thu của đơn vị.

- Trường hợp Trung tâm là đơn vị thay mặt cho nhà nước quản lý KCN, chỉ thay mặt Nhà nước (hoặc được ủy quyền của Nhà nước) ký hợp đồng cho thuê lại đất cho các nhà đầu tư thứ cấp thì tiền thuê đất đơn vị thứ cấp nộp ngân sách Nhà nước là doanh thu của Trung tâm.

- Trường hợp Quyết định và Quy chế hoạt động của Trung tâm không quy định cụ thể thì các khoản thu nêu trên nộp ngân sách Nhà nước; kinh phí hoạt động của Trung tâm do ngân sách Nhà nước cấp.

Ngoài ra, đề nghị UBND tỉnh rà soát lại mô hình hoạt động của Trung tâm để điều chỉnh cho phù hợp với quy định của pháp luật; đồng thời rà soát việc cho thuê lại đất và tình hình thu nộp, nghĩa vụ tài chính của Trung tâm, cũng như các đơn vị thuê đất trong KCN để xử lý tồn tại về giá thuê đất, tiền thuê đất (nếu có) theo quy định tại Nghị định số 46/2014/NĐ-CP ngày 15/5/2014 và sửa đổi bổ sung tại Nghị định số 135/2016/NĐ-CP ngày 9/9/2016 của Chính phủ.

Phải xuất hóa đơn đối với việc thu tiền thuê lại đất

Người nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) tại khoản 2 Điều 3 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật thuế GTGT gồm: “2. Các tổ chức kinh tế của tổ chức chính trị tổ chức chính trị - xã hội, tổ chức xã hội, tổ chức xã hội - nghề nghiệp, đơn vị vũ trang nhân dân, tổ chức sự nghiệp và các tổ chức khác”.

Theo điểm e khoản 2 Điều 5 Thông tư số 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/NĐ-CP ngày 14/5/2010 và Nghị định số 4/2014/NĐ-CP ngày 17/1/2014 của Chính phủ quy định về hoá đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ thì:

"e) Các đơn vị sự nghiệp công lập có hoạt động sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật đáp ứng đủ điều kiện tự in hướng dẫn tại khoản 1 Điều 6 nhưng không tự in hoá đơn thì được tạo hoá đơn đặt in hoặc mua hóa đơn đặt in của cơ quan thuế".

Điểm a khoản 1 Điều 6 Thông tư số 39/2014/TT-BTC quy định:

"a) Các doanh nghiệp, đơn vị sự nghiệp được tạo hóa đơn tự in kể từ khi có mã số thuế gồm: "

"- Các đơn vị sự nghiệp công lập có sản xuất, kinh doanh theo quy định của pháp luật.".

Như vậy, Trung tâm là đơn vị sự nghiệp công lập, vẫn phải xuất hóa đơn đối với việc thu tiền thuê lại đất.

Điều kiện DN được tính vào chi phí được trừ

Theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), doanh nghiệp được tính vào chi phí được trừ đối với các khoản chi đáp ứng các điều kiện như: “Khoản chi thực tế phát sinh liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của doanh nghiệp; có đủ hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật; và đối với hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từng lần có giá trị từ hai mươi triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt".

Đối với chi phí đầu tư hình thành tài sản cố định để cho thuê, việc trích khấu hao tài sản cố định của doanh nghiệp căn cứ quy định tại Quyết định số 206/2003/QĐ-BTC ngày 12/12/2003 về ban hành chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định.

Thông tư số 203/2009/TT-BTC ngày 20/10/2009 và Thông tư số 45/2013/TT-BTC ngày 25/4/2013 về hướng dẫn chế độ quản lý, sử dụng và trích khấu hao tài sản cố định. Chi phí trích lập khấu hao theo đúng quy định của pháp luật được tính vào chi phí được trừ khi tính thuế TNDN.

Đối với chi phí đầu tư để chuyển nhượng và chi phí quản lý, doanh nghiệp tính vào chi phí hình thành tài sản theo quy định của pháp luật.

Theo Cổng thông tin điện tử Chính phủ