Kê khai thiếu hóa đơn GTGT đầu vào thì xử lý thế nào?

Ví dụ 58: Doanh nghiệp X đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến phi lê cá tra, cá ba sa, tôm đông lạnh xuất khẩu. Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng, kể cả trường hợp thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến tôm, cá để xuất khẩu. Doanh nghiệp X được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.

Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu, tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y…), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. 

Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:

- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi-lê theo quy trình nêu trên.

- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).

Ví dụ 59: Doanh nghiệp Y đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất, chế biến các sản phẩm từ sữa tươi sống (sữa tươi tiệt trùng, sữa chua, pho mát,...). Doanh nghiệp tổ chức sản xuất khép kín từ khâu chăn nuôi, kể cả trường hợp thuê gia công chăn nuôi mà doanh nghiệp đầu tư toàn bộ con giống (bò, dê), chuồng, trại, hàng rào, trang thiết bị vắt sữa, hệ thống vệ sinh chuồng, trại và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y, dịch vụ thú y, đến khâu chế biến thành các sản phẩm từ sữa. Doanh nghiệp Y được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại tất cả các khâu sản xuất, chế biến.

Ví dụ 60: Doanh nghiệp A có dự án đầu tư vườn cây cao su, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ ở khâu đầu tư XDCB, doanh nghiệp chưa có sản phẩm làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm cả sản phẩm chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) nhưng có dự án xây dựng nhà máy chế biến mủ cao su (thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) và cam kết sản phẩm trồng trọt tiếp tục chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT thì Công ty được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào.

Trường hợp doanh nghiệp bán mủ cao su của toàn bộ dự án thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì doanh nghiệp không được khấu trừ thuế.

Trường hợp doanh nghiệp sử dụng một phần mủ cao su khai thác của dự án vào sản xuất sản phẩm chịu thuế GTGT, một phần bán ra thì thực hiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

- Thuế GTGT đầu vào của TSCĐ (vườn cây cao su, nhà máy chế biến…): doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ (bao gồm cả thuế GTGT phát sinh trong giai đoạn đầu tư XDCB).

- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ: thực hiện khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.

Ví dụ 61: Doanh nghiệp Z thành lập mới từ dự án đầu tư vào lĩnh vực vận tải. Phương án sản xuất kinh doanh theo dự án đầu tư của doanh nghiệp có doanh thu từ vận chuyển hành khách công cộng bằng xe buýt và không bằng xe buýt, từ bán quảng cáo và dịch vụ sửa chữa, bảo dưỡng phương tiện vận tải; trong đó doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt chiếm tỷ trọng 30% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra. Giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản mua sắm phương tiện, xây dựng trạm chờ, nhà xưởng kéo dài trong 02 năm từ tháng 6/2014 đến tháng 5/2016. 

Trong thời gian 02 năm này, số thuế giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định trong giai đoạn đầu tư xây dựng cơ bản và của hàng hóa, dịch vụ mua vào phục vụ cho việc thành lập doanh nghiệp (chi phí thành lập doanh nghiệp) được tạm khấu trừ theo tỷ lệ 70% và được hoàn thuế theo quy định (Riêng thuế GTGT của tài sản cố định là xe ô tô đăng ký sử dụng làm xe buýt công cộng không khấu trừ). 

Doanh nghiệp đi vào hoạt động có doanh thu từ tháng 6/2016. Đến hết tháng 5/2019, tỷ trọng doanh thu từ vận tải hành khách công cộng bằng xe buýt trong thời gian 03 năm từ tháng 6 năm 2016 chiếm 35% tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra thì doanh nghiệp kê khai, điều chỉnh giảm số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định đã được khấu trừ, hoàn thuế tương ứng với tỷ lệ 5% (= 70% - 65%) và tính nộp số điều chỉnh giảm khấu trừ, hoàn thuế này vào số thuế GTGT của kỳ khai thuế tháng 5/2019. 

Doanh nghiệp không bị xử phạt chậm nộp và không bị tính lãi chậm nộp đối với số thuế giá trị gia tăng của tài sản cố định được khấu trừ phải điều chỉnh giảm.