- Đối với hồ sơ hoàn thuế (HSHT) thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau:
+ Nếu HSHT không thuộc đối tượng và trường hợp được hoàn hoặc chưa đủ thông tin để xác định thì cơ quan thuế (CQT) gửi thông báo cho người nộp thuế (NNT) trong vòng 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
+ Nếu đủ điều kiện hoàn thuế thì CQT ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 06 ngày làm việc, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
- Đối với HSHT thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: CQT tiến hành kiểm tra tại trụ sở NNT và ban hành quyết định hoàn thuế trong thời hạn không quá 40 ngày, kể từ ngày nhận đủ HSHT.
- Kho bạc Nhà nước cấp tỉnh chi hoàn thuế cho NNT chậm nhất là 03 ngày làm việc, kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách do CQT chuyển đến.
Thông tư 99/2016/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 13/8/2016 và thay thế Thông tư 94/2010/TT-BTC , Quyết định 2404/QĐ-BTC , Thông tư 150/2013/TT-BTC .