Theo đó, Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC quy định Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được hoàn thuế khi chuyển đổi doanh nghiệp,…chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.
Với trường hợp chi nhánh của pháp nhân thì chi nhánh là đơn vị phụ thuộc của pháp nhân, không phải pháp nhân;
Khi pháp nhân chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, mọi hoạt động sản xuất kinh doanh của chi nhánh không có sự thay đổi so với trước khi thực hiện chuyển đổi loại hình doanh nghiệp.
Vì vậy không thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130 nêu trên mà sẽ được khấu trừ tiếp số thuế đầu vào chưa được khấu trừ hết tại kỳ thuế sau.
Ví dụ: Công ty điện lực Dầu khí Nhơn Trạch là chi nhánh của Tổng công ty Điện lực Dầu khí Việt Nam đang thực hiện kê khai nộp thuế GTGT hoạt động sản xuất kinh doanh điện tại Cục thuế tỉnh Đồng Nai.
Khi Tổng công ty Điện lực Dầu khí Việt Nam thực hiện cổ phần hóa chuyển đổi loại hình doanh nghiệp thì Công ty điện lực Dầu khí Nhơn Trạch vẫn là chi nhánh của Doanh nghiệp sau chuyển đổi nên không được hoàn thuế theo Thông tư 130.
Công văn 4657/TCT-DNL được ban hành ngày 23/11/2018.