Theo đó, hướng phát triển hệ thống tổ chức bộ máy KTNN giai đoạn 2021-2030 được quy định như sau:
- Xây dựng các đề án tăng cường, củng cố năng lực nhằm sắp xếp lại các đơn vị trực thuộc; xây dựng bộ máy tham mưu hiệu lực, hiệu quả, chuyên nghiệp;
Duy trì ổn định hoạt động các KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực.
- Trong giai đoạn 2021-2025, xây dựng Đề án, trình cấp có thẩm quyền quyết định:
+ Nâng cấp Ban Tài chính hiện nay đang trực thuộc Văn phòng KTNN thành Vụ Tài chính;
+ Nâng cấp Trường Đào tạo và Bồi dưỡng nghiệp vụ kiểm toán thành Học viện Kiểm toán.
- Trong giai đoạn 2026-2030, tiếp tục hoàn thiện, nâng cao năng lực của các đơn vị trực thuộc; phát triển các ĐVSNCL theo hướng nâng cao mức độ tự chủ, đáp ứng chức năng, nhiệm vụ được giao;
Xây dựng Trung tâm công nghệ thông tin, dữ liệu trên cơ sở cơ cấu lại, bổ sung nhiệm vụ cho Trung tâm Tin học để đáp ứng yêu cầu phát triển công nghệ thông tin của KTNN trong quá trình chuyển đổi số ở Việt Nam.
Nghị quyết 999/2020/UBTVQH14 có hiệu lực từ ngày 16/9/2020.