Theo đó, Ủy ban Biên giới quốc gia trực thuộc Bộ Ngoại giao gồm 04 tổ chức sau:
(1) Vụ Biên giới đất liền;
(2) Vụ Biển;
(3) Vụ Chính sách, Pháp lý và Thông tin;
(4) Văn phòng.
Việc ban hành Quy chế làm việc, các quyết định quy định cụ thể về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của các đơn vị trực thuộc Ủy ban thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp của Bộ trưởng Bộ Ngoại giao.
Vụ Biên giới phía Tây, Vụ Biên giới Việt - Trung và Vụ Tuyên truyền Thông tin và Tư liệu tiếp tục thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao đến khi Bộ trưởng Bộ Ngoại giao ban hành Quyết định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Vụ Biên giới đất liền và Vụ Chính sách, Pháp lý và Thông tin.
Nhiệm vụ và quyền hạn của Ủy ban Biên giới quốc gia trực thuộc Bộ Ngoại giao đơn cử như:
- Tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Ngoại giao trình Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ và các cơ quan có thẩm quyền:
+ Dự án luật, dự thảo nghị quyết của Quốc hội; dự án pháp lệnh, dự thảo nghị quyết của Ủy ban Thường vụ Quốc hội; dự thảo nghị định, nghị quyết của Chính phủ; dự thảo quyết định, chỉ thị của Thủ tướng Chính phủ về công tác biên giới, lãnh thổ quốc gia;
+ Dự thảo điều ước quốc tế về hoạch định, phân giới cắm mốc biên giới quốc gia trên đất liền; phân định biển và điều ước quốc tế về biên giới quốc gia, cửa khẩu biên giới giữa Việt Nam với các nước;
+ Các phương án hoạch định biên giới quốc gia, xác định ranh giới vùng trời và các vùng biển của Việt Nam với các nước láng giềng; xác định phạm vi chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán của Việt Nam trên đất liền, vùng trời, các vùng biển, hải đảo của Việt Nam;
+ Chiến lược, chương trình mục tiêu quốc gia, chương trình hành động, đề án, dự án quan trọng về công tác biên giới, lãnh thổ quốc gia hoặc liên quan đến biên giới, lãnh thổ quốc gia.
- Tổ chức thực hiện chính sách, pháp luật, chiến lược, kế hoạch, chương trình, đề án, dự án về công tác biên giới, lãnh thổ quốc gia sau khi được cấp có thẩm quyền ban hành hoặc phê duyệt…
Quyết định 31/2023/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành từ ngày 10/02/2024 và thay thế Quyết định 10/2019/QĐ-TTg ngày 18/02/2019.