Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế TNDN
Theo hướng dẫn, trường hợp DN thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư (địa bàn thành lập DN) nhưng có phát sinh hoạt động kinh doanh và thu nhập tại các địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khác nhau (địa bàn thành lập DN và ngoài địa bàn thành lập DN), thì phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động kinh doanh trên từng địa bàn được hưởng ưu đãi TNDN (bao gồm mức thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế) và địa bàn không được hưởng ưu đãi thuế.
Việc xác định ưu đãi thuế TNDN (nếu có) đối với thu nhập từ hoạt động kinh doanh ngoài địa bàn thành lập DN được xác định theo từng địa bàn, căn cứ theo thời gian và mức ưu đãi thuế TNDN của DN tại địa bàn thành lập DN mà DN đang được hưởng ưu đãi thuế TNDN.
Trường hợp trong kỳ tính thuế DN không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế, thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế (không bao gồm thu nhập khác) nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế, so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của DN trong kỳ tính thuế.
DN được kê khai điều chỉnh, bổ sung
Trường hợp DN thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn ưu đãi đầu tư (địa bàn thành lập DN) nhưng có phát sinh hoạt động kinh doanh và thu nhập ở nhiều địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khác nhau mà đã kê khai nộp thuế TNDN chưa phù hợp với hướng dẫn, thì được kê khai điều chỉnh, bổ sung theo quy định tại Luật Quản lý thuế và các văn bản hướng dẫn thi hành về quản lý thuế.
Nếu việc kê khai điều chỉnh, bổ sung theo hướng dẫn dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp thì DN phải nộp đủ số tiền thuế thiếu vào NSNN và không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế (nếu có).
Trường hợp DN đã được cơ quan thuế thanh tra, kiểm tra có nội dung liên quan đến vấn đề ưu đãi thuế TNDN nhưng xử lý chưa phù hợp với hướng dẫn thì sẽ điều chỉnh lại. Nếu sau khi điều chỉnh lại, DN có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp thì được bù trừ với số tiền thuế phải nộp của kỳ thuế tiếp theo.
Nếu sau khi điều chỉnh lại dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp thì DN phải nộp đủ số tiền thuế thiếu vào NSNN và không phải nộp tiền chậm nộp tiền thuế (nếu có).
Theo Công văn 12024/BTC-TCT ngày 27/8/2014