Về vấn đề này, Tổng cục Thuế - Bộ Tài chính trả lời như sau:
Khoản 6, Điều 1 Luật số 31/2013/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT quy định: “Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế”.
Theo Khoản 7, Điều 1 Luật số 31/2013/QH13: “Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc ít nhất sau 4 quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế”.
Căn cứ Khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế:
“3. Khoản 1và Khoản 2, Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:
1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo”.
Khoản 1, Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định khấu trừ, hoàn thuế: “Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp tích lũy kế sau 12 tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau 4 quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT chưa được khấu trừ mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế”.
Theo Khoản 6, Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 1/7/2016 của Chính phủ: “Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo”.
Căn cứ các quy định nêu trên và theo báo cáo tài chính, hồ sơ kê khai của Công ty TNHH Thương mại XNK Việt Hàn gửi Cơ quan thuế qua hệ thống ứng dụng Ngành thuế iHTKK) thì số tiền chiết khấu thương mại là bằng 0 đồng. Công ty thực hiện mua thương mại nội địa mặt hàng điện tử, điện lạnh không thực hiện nhập khẩu hàng hóa có số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa tồn kho đến tháng 6/2016 là 102,4 tỷ đồng.
Tại kỳ kê khai tháng 6/2016 và tháng 7/2016, Công ty không đề nghị hoàn thuế GTGT. Đến tháng 8/2016, Công ty đề nghị hoàn trên tờ khai thuế GTGT và lập giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách Nhà nước số tiền 78 tỷ đồng với lý do hoàn số thuế GTGT chưa khấu trừ hết lũy kế 12 tháng của số thuế GTGT còn khấu trừ tại thời điểm trước ngày 1/7/2016 (là thời điểm Luật 106/2016/QH13 có hiệu lực thi hành).
Tuy nhiên, trong tháng 7 và tháng 8/2016, Công ty có thuế GTGT của hàng hóa bán ra là 38 tỷ đồng, đồng thời cũng mua hàng hóa với thuế GTGT đầu vào là 33,6 tỷ đồng.
Từ tháng 7/2016 đến tháng 1/2017, Công ty có số thuế GTGT phát sinh của hàng hóa bán ra là 125,7 tỷ đồng; đồng thời, Công ty cũng mua vào với số thuế GTGT đầu vào là 124 tỷ đồng.
Như vậy, số thuế GTGT còn chưa khấu trừ hết của Công ty hàng tháng bản chất là thuế GTGT đầu vào của hàng mới mua dự trữ chưa bán ra.
Số thuế GTGT chưa khấu trừ hết tại thời điểm ngày 30/6/2016 của Công ty đến nay đã được khấu trừ hết với thuế GTGT đầu ra của hàng tồn kho khi Công ty bán hàng (Công ty TNHH Thương mại XNK Việt Hàn không có hoạt động xuất khẩu hàng hóa).
Từ ngày 1/7/2016, theo quy định tại Khoản 3, Điều 1 Luật số 106/2016/QH13; Khoản 6, Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP thì cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo, không được hoàn thuế đối với trường hợp lũy kế âm liên tục 12 tháng hoặc 4 quý.
Theo Cổng thông tin điện tử Chính phủ