Hiện hành, theo Quyết định 03/2018/QĐ-TTg thì Tổng cục Khí tượng Thủy văn gồm có 16 đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc và 06 tổ chức giúp Tổng cục trưởng Tổng cục thực hiện chức năng quản lý nhà nước.
Tuy nhiên, theo quy định mới tại Quyết định 10/2023/QĐ-TTg thì các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Tổng cục Khí tượng Thủy văn đã có sự thay đổi và chỉ còn 13 đơn vị.
Cụ thể, cơ cấu tổ chức của Tổng cục Khí tượng Thủy văn sẽ gồm có:
(1) 06 tổ chức giúp Tổng cục trưởng Tổng cục Khí tượng Thủy văn thực hiện chức năng quản lý nhà nước:
- Vụ Quản lý dự báo khí tượng thủy văn;
- Vụ Quản lý mạng lưới khí tượng thủy văn;
- Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế;
- Vụ Kế hoạch - Tài chính;
- Vụ Tổ chức cán bộ;
- Văn phòng Tổng cục.
(2) 13 đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Tổng cục Khí tượng Thủy văn:
- Trung tâm Mạng lưới khí tượng thủy văn quốc gia;
- Trung tâm Dự báo khí tượng thủy văn quốc gia;
- Trung tâm Thông tin và Dữ liệu khí tượng thủy văn;
- Trung tâm Công nghệ khí tượng thủy văn;
- Trung tâm Hải văn;
- Liên đoàn Khảo sát khí tượng thủy văn;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Miền núi phía Bắc;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Đồng bằng và Trung du Bắc Bộ;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Bắc Trung Bộ;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Trung Trung Bộ;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Trung Bộ;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Nam Bộ;
- Đài Khí tượng Thủy văn khu vực Tây Nguyên.
Quyết định 10/2023/QĐ-TTg có hiệu lực kể từ ngày 15/06/2023 và thay thế Quyết định 03/2018/QĐ-TTg ngày 23/01/2018.