Cơ cấu tổ chức của Bộ Khoa học và Công nghệ gồm 18 tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng thực hiện chức năng quản lý nhà nước và 4 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ, cụ thể:
(1) 18 tổ chức hành chính giúp Bộ trưởng Bộ Khoa học và Công nghệ thực hiện chức năng quản lý nhà nước gồm:
- Vụ Khoa học Xã hội, Nhân văn và Tự nhiên.
- Vụ Khoa học và Công nghệ các ngành kinh tế - kỹ thuật.
- Vụ Đánh giá, Thẩm định và Giám định công nghệ.
- Vụ Công nghệ cao.
- Vụ Năng lượng nguyên tử.
- Vụ Ứng dụng công nghệ và tiến bộ kỹ thuật.
- Vụ Kế hoạch - Tài chính.
- Vụ Pháp chế.
- Vụ Tổ chức cán bộ.
- Vụ Hợp tác quốc tế.
- Văn phòng Bộ.
- Thanh tra Bộ.
- Cục Phát triển công nghệ và Đổi mới sáng tạo.
- Cục Thông tin khoa học và công nghệ quốc gia.
- Cục Phát triển thị trường và doanh nghiệp khoa học và công nghệ.
- Cục An toàn bức xạ và hạt nhân.
- Cục Sở hữu trí tuệ.
- Ủy ban Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng Quốc gia.
So với Nghị định 95/2017/NĐ-CP , không còn quy định về Vụ Phát triển khoa học và công nghệ địa phương; Cục Công tác phía Nam; Cục Ứng dụng và Phát triển công nghệ; Cục Năng lượng nguyên tử; Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng; Ban Quản lý Khu công nghệ cao Hòa Lạc.
Thay vào đó là Vụ Năng lượng nguyên tử; Vụ Ứng dụng công nghệ và tiến bộ kỹ thuật; Cục Phát triển công nghệ và Đổi mới sáng tạo; Ủy ban Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng Quốc gia.
(2) 4 đơn vị sự nghiệp phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ Khoa học và Công nghệ gồm:
- Học viện Khoa học, Công nghệ và Đổi mới sáng tạo.
- Báo VnExpress.
- Tạp chí Khoa học và Công nghệ Việt Nam.
- Trung tâm Công nghệ thông tin.
So với Nghị định 95/2017/NĐ-CP, không còn quy định về Báo Khoa học và Phát triển thay vào đó là Báo VnExpress.
Nghị định 28/2023/NĐ-CP có hiệu lực từ ngày 06/6/2023 và thay thế Nghị định 95/2017/NĐ-CP ngày 16/8/2017.