Hệ thống tổ chức Hải quan Việt Nam gồm có:
- Tổng cục Hải quan;
- Cục Hải quan tỉnh, liên tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương;
- Chi cục Hải quan, Đội Kiểm soát Hải quan và đơn vị tương đương.
- Chính phủ căn cứ vào khối lượng công việc, quy mô, tính chất hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh, đặc thù, điều kiện kinh tế - xã hội của từng địa bàn để quy định tiêu chí thành lập Cục Hải quan; quy định cụ thể tổ chức, nhiệm vụ, hoạt động của Hải quan các cấp.
(Theo Điều 14 Luật Hải quan 2014)