Tổng hợp điểm mới Thông tư 99/2016/TT-BTC về quản lý hoàn thuế GTGT

STT

Điểm mới

Quy định trước đây

01

Phạm vi điều chỉnh (Điều 1): Đưa thêm nội dung về việc quản lý hoàn thuế GTGT của người nộp thuế (NNT) vào hướng dẫn.

Việc quản lý hoàn thuế GTGT của NNT được quy định tại Luật, Nghị định, Thông tư hướng dẫn Luật quản lý thuế, Thông tư hướng dẫn về thuế GTGT, Thông tư số 150/2013/TT-BTC.

02

Nguyên tắc quản lý hoàn thuế GTGT (Điều 3):

- Dẫn chiếu các quy định riêng về trường hợp được hoàn thuế, điều kiện hoàn thuế, việc tiếp nhận và giải quyết hoàn thuế đối với thuế GTGT đã được quy định tại Luật.

- Làm rõ nguyên tắc áp dụng quản lý rủi ro trong quản lý hoàn thuế GTGT.

Quy định về hoàn thuế GTGT và áp dụng quản lý rủi ro trong việc giải quyết hoàn thuế GTGT được quy định tại Luật, Nghị định, Thông tư, các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính, nay đưa nguyên tắc chung vào nội dung Thông tư để thống nhất thực hiện.

03

Kinh phí hoàn thuế GTGT (Điều 4):

- Kinh phí hoàn thuế GTGT  dự toán tại ngân sách nhà nước và Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế quản lý, điều hành chi hoàn thuế GTGT trong phạm vi dự toán ngân sách được giao.

- Cục trưởng Cục Thuế quản lý, sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT để chi hoàn cho NNT theo thẩm quyền.

Thông tư 150/2013/TT-BTC quy định dự toán hoàn thuế GTGT được giao cho Cục trưởng Cục Thuế quản lý và chi hoàn thuế trong phạm vi dự toán.

04

Thêm mới cơ sở dữ liệu phục vụ riêng cho việc hoàn thuế GTGT (Điều 5).

Chỉ có hệ thống cơ sở dữ liệu quản lý thuế chung của ngành thuế, chưa có cơ sở dữ liệu phục vụ riêng cho việc hoàn thuế GTGT.

05

Làm rõ nguyên tắc quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT theo quy định tại (Điều 6):

- Khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế sửa đổi 2012

- Khoản 2 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13

- Thông tư số 204/2015/TT-BTC

Thông tư 204/2015/TT-BTC đã có hiệu lực thi hành nhưng chưa có quy định cụ thể để thực hiện. Nay Luật số 106/2016/QH13 quy định có tính pháp lý cao hơn, cụ thể hơn về áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT (Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 quy định áp dụng quản lý rủi ro nói chung).

06

Áp dụng biện pháp nghiệp vụ hải quan đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế (Điều 7):

- Quy định rõ việc cơ quan thuế tra cứu, căn cứ thông tin trên Tờ khai hải quan để giải quyết hoàn thuế GTGT.

- Bổ sung hướng dẫn về trách nhiệm của Tổng cục Hải quan trong việc thêm tiêu chí, chỉ số phân loại rủi ro.

Việc quy định phân luồng kiểm tra hàng hóa xuất khẩu qua biên giới đất liền được thực hiện theo các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

07

Áp dụng biện pháp nghiệp vụ quản lý hoàn thuế đối với một số trường hợp rủi ro cao về thuế (Điều 8):

Bổ sung hướng dẫn cụ thể đổi với phát hiện, xử lý hành vi gian lận thuế, trốn thuế

Các nội dung này thực hiện theo các công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

08

Quy định rõ thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT (Điều 9):

- Đối với 4 tỉnh, thành phố (Hà Nội, Hồ Chí Minh, Bình Dương, Đồng Nai): Cục Thuế thực hiện toàn bộ quy trình hoàn thuế hoặc Chi cục Thuế thực hiện các công tác sơ bộ trước khi chuyển cho Cục thuế thẩm định và ban hành quyết định hoàn thuế.

- Đối với 59 tỉnh, thành phố còn lại: Cục Thuế có trách nhiệm tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho NNT bao gồm cả NNT do Chi cục Thuế quản lý trực tiếp.

Thẩm quyền tiếp nhận và giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho NNT được thực hiện theo quy định tại Điều 58 Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

09

Lập và gửi hồ sơ hoàn thuế (Điều 10):

- Bổ sung thêm: đơn vị phụ thuộc của NNT là  đối tượng phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính

- Bổ sung quy định: NNT đã gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế nhưng sau đó có văn bản hủy đề nghị hoàn thuế thì NNT được khai điều chỉnh, bổ sung số thuế đề nghị hoàn chuyển khấu trừ tiếp vào tờ khai thuế GTGT của kỳ kê khai tiếp theo nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ thuế GTGT.

- Chỉ có chi nhánh phải có văn bản ủy quyền của doanh nghiệp trụ sở chính theo quy định tại công văn số 18832/BTC-TCT ngày 17/12/2015 của Bộ Tài chính.

-  Chưa có quy định đối với trường hợp hủy đề nghị hoàn thuế

10

Bổ sung hướng dẫn đối với việc tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế điện tử (Điều 11).

Được quy định tại Thông tư số 110/2015/TT-BTC nhưng chưa cụ thể.

11

Bổ sung các quy định về phân loại hồ sơ hoàn thuế theo quy định của Luật số 106/2016/QH13 và các văn bản hướng dẫn thi hành (Điều 11).

Việc phân loại hồ sơ hoàn thuế được quy định tại khoản 1 Điều 1 Luật quản lý thuế số 21/2012/QH13 và được hướng dẫn tại khoản 14 Điều 2 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/2/2015 của Bộ Tài chính.

12

Xác định số thuế GTGT được hoàn của NNT (Điều 13): Làm rõ căn cứ xác định số thuế GTGT được hoàn của NNT trong trường hợp hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước, hoàn thuế sau.

Quy định này được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

13

Bổ sung hướng dẫn bù trừ số tiền thuế nợ của NNT với số tiền thuế mà NNT còn nợ Ngân sách nhà nước theo văn bản đề nghị của cơ quan, tổ chức có thẩm quyền theo quy định của pháp luật. (Điều 14)

Thông tư 156/2013/TT-BTC chỉ quy định bù trừ số thuế được hoàn với số tiền thuế nợ của NNT do cơ quan thuế, cơ quan hải quan quản lý, chưa có quy định bù trừ với số nợ ngân sách nhà nước do cơ quan nhà nước khác quản lý.

14

Bổ sung hướng dẫn sau khi thực hiện bù trừ số tiền thuế nợ với số thuế được hoàn, NNT là doanh nghiệp trụ sở chính có số thuế được hoàn trả nhưng có chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày do cơ quan quản lý trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế thì phải tiếp tục thực hiện bù trừ. Trường hợp chi nhánh hạch toán phụ thuộc có số thuế còn được hoàn thì phải thực hiện bù trừ với số tiền thuế nợ quá hạn trên 90 ngày của doanh nghiệp trụ sở chính. (Điều 14)

Quy định về việc người NNT có số thuế được hoàn phải thực hiện bù trừ với số thuế phải nộp và số thuế nợ giữa trụ sở chính và các chi nhánh hạch toán phụ thuộc và ngược lại được quy định tại văn bản của Bộ Tài chính.

15

Bổ sung hướng dẫn: cơ quan thuế giải quyết hoàn thuế có trách nhiệm tra cứu nợ trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS) để thực hiện bù trừ; cơ quan thuế quản lý trực tiếp NNT phải chịu trách nhiệm về số tiền thuế nợ trên TMS. (Điều 14)

NNT khi đề nghị hoàn thuế phải lập bảng kê số thuế phải nộp, số thuế nợ để bù trừ với số tiền thuế được hoàn.

16

Bổ sung hướng dẫn NNT có văn bản đề nghị cơ quan thuế trích số tiền thuế được hoàn nộp thay tiền thuế nợ cho NNT khác thì cơ quan thuế xác định số tiền thuế được hoàn bù trừ với số tiền thuế nợ của NNT khác.(Điều 14)

Chưa có quy định này.

17

Đề xuất hoàn thuế GTGT (Điều 15): Bổ sung quy định về việc lập đề xuất hoàn thuế GTGT và việc kiểm tra, cập nhật hồ sơ liên quan đến giải quyết hoàn thuế GTGT trên Hệ thống ứng dụng quản lý thuế TMS.

Quy định lập đề xuất hoàn thuế được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

18

Bổ sung quy định về việc thẩm định hồ sơ hoàn thuế GTGT (Điều 16): hồ sơ thẩm định, trách nhiệm của bộ phận thẩm định và bộ phận lập đề xuất hoàn thuế GTGT; thời hạn thẩm định hoàn thuế (01 (một) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 (ba) ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ thời điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định).

Quy định về thẩm định hồ sơ hoàn thuế được hướng dẫn tại quy trình hoàn thuế theo Quyết định 905/QĐ-TCT của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế.

19

Bổ sung hướng dẫn về giám sát hồ sơ hoàn thuế (Điều 17): Tổng cục Thuế xây dựng và thực hiện giám sát tự động việc giải quyết hoàn thuế GTGT.

Tổng cục Thuế thực hiện giám sát hoàn thuế trực tiếp hồ sơ hoàn thuế GTGT theo công văn hướng dẫn của Bộ Tài chính.

20

Bổ sung quy định về chi hoàn thuế cho NNT (Điều 19): Kho bạc nhà nước thực hiện chi hoàn cho NNT chậm nhất 03 (ba) ngày làm việc kể từ ngày nhận được Lệnh hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước/ Lệnh hoàn trả kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước do cơ quan thuế chuyển đến.

Chưa có hướng dẫn chi tiết.

21

Công khai thông tin giải quyết hoàn thuế (Điều 20): NNT thực hiện hoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về thời điểm tiếp nhận hồ sơ, thời điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của NNT, thời điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế.

Chưa có quy định này.

22

Kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với NNT (Điều 21): Làm rõ trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc lập kế hoạch kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế và thực hiện kiểm tra, thanh tra sau hoàn thuế đối với NNT.

Khoản 18 Điều 1 Luật Quản lý thuế số 21/2012/QH13 chỉ quy định về đối tượng phải thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế, chưa quy định rõ trách nhiệm của cơ quan thuế.

23

- Bổ sung căn cứ hướng dẫn về lập dự toán hoàn thuế GTGT được thực hiện theo quy định của Luật Thuế GTGT, Luật Quản lý thuế, Luật Ngân sách nhà nước.

- Sửa đổi quy định về việc Tổng cục Thuế thực hiện báo cáo Bộ Tài chính trong trường hợp phát sinh số thuế GTGT phải hoàn vượt nguồn kinh phí đã được bố trí trong dự toán được duyệt.

(Điều 22)

Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT lập cùng với dự toán ngân sách nhà nước hàng năm theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước, Vụ ngân sách nhà nước có trách nhiệm chủ trì phối hợp với Tổng cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính nếu phát sinh số thuế GTGT phải hoàn vượt dự toán.

24

Quản lý, điều hành nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT (Điều 23): bỏ quy định về việc Cục Thuế thực hiện kiểm soát hoàn thuế theo hạn mức quỹ hoàn thuế được giao; bổ sung hướng dẫn về việc tổ chức công tác dự báo, cập nhật thông tin, báo cáo về việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT trên cơ sở hệ thống thông tin quản lý thuế thống nhất toàn quốc.

Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: Tổng cục Thuế thực hiện phân bổ và thông báo hạn mức sử dụng quỹ hoàn thuế cả năm (có chia ra từng quý) cho Cục Thuế và Kho bạc nhà nước thực hiện.

25

Hạch toán kế toán hoàn thuế GTGT tại Kho bạc nhà nước (Điều 24): Quy định về việc thực hiện hạch toán, kế toán tại Kho bạc nhà nước theo quy định của kế toán ngân sách nhà nước hiện hành, bỏ quy định kiểm soát chi hoàn trong phạm vi hạn mức quỹ hoàn thuế GTGT đã được phân bổ cho từng Cục Thuế. Bổ sung quy định Kho bạc nhà nước đối chiếu, xác nhận báo cáo kế toán hoàn thuế GTGT; định kỳ cung cấp số liệu về tình hình thực hiện chi hoàn thuế của từng Cục Thuế và trên toàn quốc cho Tổng cục Thuế.

Thông tư 150/2013/TT-BTC quy định: Kho bạc nhà nước tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế, thực hiện kiểm soát chi và thực hiện thủ tục chi hoàn thuế GTGT cho đối tượng được hưởng trong phạm vi hạn mức quỹ hoàn thuế GTGT được sử dụng, Kho bạc nhà nước tạm dừng chi trả và thông báo tới cơ quan thuế cùng cấp trong trường hợp chi vượt hạn mức được thông báo.

26

Hạch toán thu hồi hoàn thuế GTGT (Điều 25): Hướng dẫn việc hạch toán số tiền thu hồi hoàn thuế GTGT, bổ sung quy định về việc Kho bạc nhà nước gửi bảng kê chứng từ thu hồi hoàn thuế đã hạch toán cho cơ quan thuế để thực hiện hạch toán kế toán thuế nội địa và xác nhận báo cáo kế toán thu hồi hoàn thuế cho cơ quan thuế; định kỳ Kho bạc nhà nước cung cấp số liệu về tình hình thực hiện thu hồi hoàn thuế của từng Cục Thuế và trên toàn quốc cho Tổng cục Thuế.

Chưa có hướng dẫn tại Thông tư nên để đảm bảo hướng dẫn kịp thời trong triển khai thực hiện Bộ Tài chính đã có công văn số 4120/BTC-TCT ngày 29/3/2016 về việc hạch toán thu hồi tiền hoàn thuế GTGT theo Thông tư số 150/2013/TT-BTC.

27

Quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT (Điều 26): Hướng dẫn việc quyết toán nguồn kinh phí hoàn thuế GTGT theo dự toán đã được Quốc hội phê duyệt và quy định về trách nhiệm của Tổng cục Thuế trong việc tổ chức công tác kế toán hoàn thuế GTGT, quyết toán việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT có xác nhận của Kho bạc nhà nước và Vụ Ngân sách nhà nước.

Chưa có hướng dẫn cụ thể về việc quyết toán việc sử dụng kinh phí hoàn thuế GTGT.

28

Bổ sung hướng dẫn trách nhiệm của cơ quan thuế (Điều 27):

- Xây dựng cơ sở dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin để thực hiện hoàn thuế điện tử, áp dụng quản lý rủi ro trong hoàn thuế GTGT..

- Lập dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT, quản lý dự toán và chi hoàn thuế GTGT trong phạm vi dự toán hoàn thuế GTGT đã được phê duyệt, thực hiện quyết toán chi hoàn thuế GTGT, thu hồi hoàn thuế GTGT đảm bảo an toàn, chặt chẽ tiền của ngân sách nhà nước và theo đúng quy định của pháp luật.

Chưa có quy định về xây dựng cơ sở dữ liệu và có quy định về việc lập dự toán hoàn thuế GTGT nhưng chưa có quy định về việc quyết toán chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế GTGT nên chưa đảm bảo tính đầy đủ.

29

Trách nhiệm của Vụ Ngân sách nhà nước (Điều 29): Bổ sung quy định về việc phối hợp quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT và chủ trì trình cơ quan có thẩm quyền trong trường hợp dự toán kinh phí hoàn thuế GTGT không đủ chi theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: Vụ Ngân sách nhà nước phối hợp với Tổng cục Thuế lập dự toán quỹ hoàn thuế, điều hành dự toán và tổng hợp vào ngân sách nhà nước hàng năm. Trường hợp dự toán không đủ phối hợp với Tổng cục Thuế trình Bộ trưởng Bộ Tài chính.

30

Trách nhiệm của Kho bạc nhà nước (Điều 30): Bổ sung quy định về công tác hạch toán chi hoàn thuế, thu hồi hoàn thuế GTGT và định kỳ xác nhận với cơ quan thuế theo quy định về kế toán ngân sách nhà nước; thực hiện chi hoàn thuế trong phạm vi dự toán kinh phí đã được duyệt và quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT theo quy định của Luật Ngân sách nhà nước.

Thông tư số 150/2013/TT-BTC quy định: mở tài khoản chi hoàn thuế để theo dõi và kiểm soát chi hoàn thuế GTGT; thực hiện kiểm tra, đối chiếu với cơ quan thuế định kỳ, xác nhận số thực chi cho các đối tượng được hoàn thuế trên địa bàn tỉnh, thành phố. Chưa hướng dẫn về hạch toán kế toán thu hồi hoàn thuế GTGT và quyết toán kinh phí hoàn thuế GTGT.