- Khoa Kiểm soát bệnh tật và HIV/AIDS;
- Khoa Y tế công cộng;
- Khoa An toàn thực phẩm;
- Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản và Phụ sản; (hiện hành là Khoa Chăm sóc sức khỏe sinh sản)
- Khoa Khám bệnh/Phòng khám đa khoa;
- Khoa Cấp cứu - Hồi sức tích cực và Chống độc; (hiện hành là Khoa Hồi sức cấp cứu)
- Khoa Nội;
- Khoa Ngoại;
- Khoa Phẫu thuật - Gây mê hồi sức; (Mới)
- Khoa Nhi;
- Khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng;
- Khoa Răng hàm mặt - Mắt - Tai mũi họng;
- Khoa Xét nghiệm;
- Khoa Chẩn đoán hình ảnh; (hiện hành là cơ cấu chung với Khoa Xét nghiệm)
- Khoa Truyền nhiễm;
- Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn;
- Khoa Dược - Trang thiết bị - Vật tư y tế;
- Khoa Dinh dưỡng; (hiện hành là cơ cấu chung với Khoa Y tế công cộng)
- Khoa Tư vấn và điều trị nghiện chất. (Mới)
Căn cứ vào tính chất, đặc điểm, nhu cầu thực tế của từng địa phương, cấp có thẩm quyền quyết định việc thành lập, tổ chức lại các khoa chuyên môn thuộc Trung tâm Y tế huyện bảo đảm phù hợp với tính chất công việc.
Thông tư 07/2021/TT-BYT có hiệu lực từ ngày 15/7/2021 và thay thế Thông tư 37/2016/TT-BYT ngày 25/10/2016.