Theo đó, về bộ hồ sơ hải quan đối với hàng hóa XK ra nước ngoài, Bộ Tài chính hướng dẫn sử dụng hóa đơn thương mại để thay thế hóa đơn XK.
Trường hợp DN nội địa XK hàng hóa vào khu phi thuế quan thì trong bộ hồ sơ hải quan sử dụng hóa đơn GTGT hoặc hóa đơn bán hàng theo quy định tại Thông tư 39/2014/TT-BTC.
Trước đó, để giải quyết vướng mắc của Hải quan các tỉnh, thành phố trong việc sử dụng hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ XK khi áp dụng Thông tư số 39/2014/TT-BTC hướng dẫn Nghị định 04/2014/NĐ-CP, Bộ Tài chính cũng đã có công văn 7924/BTC-TCHQ ngày 1-6-2014 hướng dẫn Cục Hải quan các tỉnh, thành phố về việc sử dụng hóa đơn khi làm thủ tục xuất khẩu, quyết toán thuế.
Trong đó, Bộ Tài chính hướng dẫn DN nộp và xuất trình các loại hoá đơn khi làm thủ tục hải quan đối với các trường hợp XK hàng hoá, cung ứng dịch vụ ra nước ngoài, XNK tại chỗ (trừ XNK tại chỗ sản phẩm gia công), DN (xuất trình bản chính để đối chiếu). Cụ thể, nộp 1 bản chụp hoá đơn thương mại (Commercial invoice) hoặc hoá đơn XK, nộp 1 bản chụp hoá đơn GTGT.
Đối với trường hợp XK tại chỗ sản phẩm gia công, gia công chuyển tiếp, XK vào DN chế xuất XK vào khu phi thuế quan, DN phải nộp 1 bản chụp hoá đơn GTGT hoặc hoá đơn XK, xuất trình bản chính để đối chiếu.
Trong quá trình làm hồ sơ báo cáo thuế, quyết toán thuế với cơ quan quản lý thuế DN nộp, xuất trình hoá đơn GTGT hoặc hoá đơn XK.